വി സി നിർണ്ണയത്തിന് സ്വന്തം നിലയിൽ സെർച്ച് കമ്മിറ്റി രൂപീകരിച്ചതോടെ ഗവർണരും സർക്കാരും തമ്മിലെ പോര് മുറുകുന്നു. തന്റെ ജോലി ചെയ്യുന്നതില് നിന്നും ആര്ക്കും തടയാനാകില്ലെന്നും പലതവണ ആവശ്യപ്പെട്ടിട്ടും സര്വകലാശാലകള് പ്രതിനിധികളെ തന്നില്ലെന്നും ഗവര്ണര് ആരിഫ് മുഹമ്മദ് ഖാന് പ്രതികരിച്ചു. ആറ് തവണ കേരളാ സർവകലാശാലയോട് പ്രതിനിധികളെ ആവശ്യപ്പെട്ട് കത്ത് അയച്ചിരുന്നു. പ്രതിനിധികളെ നൽകരുതെന്നാണ് സർവകലാശാലയ്ക്ക് സർക്കാർ നൽകിയ നിർദ്ദേശം. മാധ്യമങ്ങൾ തന്നെ ഇത് റിപോർട്ട് ചെയ്തതതുമാണ്.
സ്വന്തം നിലയില് സെര്ച്ച് കമ്മിറ്റി രൂപീകരിച്ചതിനെ ഗവര്ണര് ന്യായീകരിച്ചു. കേരളത്തിലെ പത്തിലധികം സര്വകലാശാലകളില് വി.സിമാരില്ല. തന്റെ ഉത്തരവാദിത്തം നിറവേറ്റുകയാണ് ചെയ്തത്.എന്നാല് സെര്ച്ച് കമ്മിറ്റി രൂപീകരണത്തിനെതിരെ കോടതിയെ സമീപിക്കാനാണ് സര്ക്കാര് നീക്കം. വി.സി നിയമനവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് നിയമസഭ പാസാക്കിയ ബില്ലുകളില് രാഷ്ട്രപതി ഒപ്പിട്ടിട്ടില്ല.എബിവിപി ആയതിനാൽ മാത്രം ചിലരെ ഗവർണർ നോമിനേറ്റ് ചെയ്യുന്നുവെന്ന ഉന്നതവിദ്യാഭാസ മന്ത്രിയുടെ പ്രതികരണത്തോട് ഗവർണർ പ്രതികരിക്കാൻ തയ്യാറായില്ല. മന്ത്രി തന്നെയാണ് കേരളാ സർവകലാശാല സിൻഡിക്കേറ്റ് യോഗം അലങ്കോലപ്പെടുത്തിയതെന്ന് ഗവർണർ ആരോപിച്ചു.